未回收或回收率低

膠塊未全部溶解

溶解凝膠時應該置于65℃水浴，不斷上下顛倒，確定膠塊*溶解后再進行下一步操作。如果凝膠濃度較大，可增加溶膠液使用量。

膠塊太大（>400mg）

如果需要處理的膠塊太大，應該先將其切成小塊，做兩次回收或選用大量型回收試劑盒。

電泳緩沖液pH過高

硅膠膜在高鹽低pH值時可結合DNA，在低鹽高pH值條件下洗脫。如果電泳緩沖液pH值太高，會導致DNA無法結合或降低結合率，可在溶膠后加入3M NaAc （pH5.2），將pH值調至7.0以下。

漂洗液中未加入無水乙醇

*次使用之前應該在漂洗液中加入無水乙醇。漂洗液每次用后應該擰緊瓶蓋，以免乙醇揮發，降低回收率。

洗脫液不合適

DNA只在低鹽溶液中才能被洗脫，如TE和水；洗脫液pH值過低會降低洗脫效率，應確保洗脫液pH值在7.0-8.5之間，當用水洗脫時確保其pH值在此范圍內；洗脫時可將洗脫緩沖液在65-70℃水浴預熱，加入洗脫液后在室溫靜置2-5分鐘，可提高洗脫效率。

洗脫液加入位置不正確

洗脫液應加在硅膠膜中心部位，確保洗脫液能*覆蓋硅膠膜的表面以達到大洗脫效率。

洗脫體積太小

洗脫液體積若小于30μl，則不易*浸透硅膠膜，使洗脫效率降低；洗脫液體積若超過200μl，則所得的DNA濃度會降低，但DNA總量不會減少。為了得到較高的洗脫效率可以適當增大洗脫液體積。

洗脫時間過短

洗脫時間對回收率也會有—定影響，洗脫時放置2分鐘可達到較好的效果。

回收后的片斷無法用于后續試驗，如連接等

乙醇殘留

洗脫時硅膠膜上有漂洗緩沖液殘留，會使洗脫產物中含乙醇，影響下游操作，在洗脫之前可通過再次離心或置于50℃烤箱中5-10分鐘，*去除漂洗緩沖液中的乙醇。

洗出液中污染有瓊脂糖

凝膠未全部溶解

洗脫產物有ssDNA，表現為在瓊脂糖電泳上呈現小的彌散帶。

將洗脫產物95℃加熱2分鐘，慢慢冷卻到室溫，使單鏈DNA重新退火復性即可。